Diagnostyka wirusologiczna ma wiele aspektów. Jeśli chcemy przekonać się o istniejącym obecnie zakażeniu wirusem HPV czy HSV, pobieramy wymaz z miejsca chorobowo zmienionego bądź miejsca, które podejrzewamy o infekcję wirusową w obrębie skóry lub błony śluzowej. Możemy również dokonać genotypowania wirusa. Badanie takie wykonywane jest technikami biologii molekularnej (PCR), gdzie identyfikacja wirusa następuje w wyniku rozpoznania jego materiału genetycznego w pobranym materiale – badanie o najwyższej czułości.

Jeśli chcemy się przekonać o istnieniu aktualnie choroby, przebyciu jej w przeszłości, posiadanej odporności w wyniku przebycia lub szczepienia profilaktycznego, to jest infekcji wirusami chorób zakaźnych wieku dziecięcego, wirusowego zapalenia wątroby (WZW) typu A (tzw. żółtaczka pokarmowa), typu B (tzw. żółtaczka wszczepienna), typu C,  czy innych chorób wirusowych jak np. cytomegalia czy AIDS – wykonujemy odpowiednie badania przeciwciał w różnych klasach – z krwi pacjenta.

Celem potwierdzenia istniejącej aktualnie infekcji wirusowej, wykonujemy badania technikami biologii molekularnej (PCR). Również z powyższych technik korzystamy celem określenia genotypu wirusa, w badaniu ilościowym czy w pewnych przypadkach – w diagnostyce lekowrażliwości.